คณะวิศวกรรมศาสตร์ ได้ศึกษาวิจัยด้านพลังงานทดแทน เช่น พลังงานลม แก๊สชีวภาพ และอื่น ๆ
มาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2518 และศึกษาวิจัยด้านน้ำมันปาล์มในช่วงเวลาใกล้ ๆ กัน แต่ที่เป็นรูปธรรมชัดเจนคือ
เมื่อ ปี พ.ศ. 2526 เมื่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชกระแสรับสั่งให้มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
ดำเนินการพัฒนาอุปกรณ์หีบน้ำมันปาล์มขนาดเล็ก และในปี 2527 มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ได้เริ่ม
โครงการส่งเสริมอุตสาหกรรมน้ำมันปาล์มขนาดเล็กตามพระราชดำริ และได้ดำเนินการวิจัยอย่างต่อเนื่องตลอดมา

ในด้านไบโอดีเซลนั้น คณะวิศวกรรมศาสตร์ ได้เริ่มศึกษาวิจัยและพัฒนามาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2544
และจากการกำหนดแผนพัฒนามหาวิทยาลัย (ปี 2546-2549) ที่สนับสนุนการจัดตั้งสถานวิจัยเฉพาะทาง
เพื่อให้ทิศทางการวิจัยประเภทที่มีลักษณะเฉพาะมีความชัดเจนมากขึ้น และสามารถรองรับงาน
บัณฑิตศึกษาได้อย่างมีประสิทธิภาพ คณะวิศวกรรมศาสตร์ จึงได้จัดตั้งสถานวิจัยและพัฒนา
พลังงานทดแทนจากน้ำมันปาล์มและพืชน้ำมันขึ้น เพื่อศึกษาและพัฒนาตั้งแต่เทคโนโลยีการแปรรูป
น้ำมันปาล์มของภาคเกษตรกรและอุตสาหกรรม ซึ่งเป็นผลงานต่อเนื่องมาจากงานวิจัยในหลายโครงการ
ของโครงการส่งเสริมอุตสาหกรรมน้ำมันปาล์มขนาดเล็กอันเนื่องมาจากพระราชดำริ เทคโนโลยีการ
ผลิตไบโอดีเซล เช่น การสร้างโรงงานผลิตไบโอดีเซล ขนาด 1,000 ลิตรที่คณะวิศวกรรมศาสตร์
ในปี 2545  การสร้างโรงงานผลิตไบโอดีเซล ขนาด 400 ลิตร ที่ศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทอง ฯ
จ.นราธิวาส ในปี 2546 และงานวิจัยการนำเอาไขน้ำมันปาล์มจากบ่อบำบัดน้ำเสียโรงงานสกัดน้ำมันปาล์ม
มาผลิตเป็นไบโอดีเซล เป็นต้น ตลอดจนการทดสอบการใช้น้ำมันปาล์มและเมทิลเอสเตอร์
ในเครื่องจักรกลการเกษตร ซึ่งหลายโครงการได้รับทุนสนับสนุนอย่างต่อเนื่องจากมูลนิธิชัยพัฒนา
เงินกองทุนพระราชทานและสำนักงานคณะกรรมการพิเศษ เพื่อประสานงานโครงการอันเนื่อง
มาจากพระราชดำริ (กปร) รวมทั้งจากเงินรายได้ของทั้งคณะวิศวกรรมศาสตร์
และมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์

สถานวิจัยและพัฒนาพลังงานทดแทนจากน้ำมันปาล์มและพืชน้ำมันในปัจจุบัน ได้ขยายกำลัง
การผลิตไบโอดีเซลเพื่อการวิจัยมากขึ้นเป็นประมาณ 5,000 ลิตรต่อสัปดาห์ สร้างชุดสาธิตการผลิต
ไบโอดีเซลแบบต่อเนื่องเพื่อแสดงให้ผู้สนใจสามารถเข้าใจกระบวนการผลิตไบโอดีเซลอย่างชัดเจนยิ่งขึ้น
ทำการศึกษาการผลิตไบโอดีเซลจากวัตถุดิบชนิดต่าง ๆ เช่น กรดไขมัน และไขสบู่ ศึกษาการผลิตไบโอดีเซล
ด้วยตัวเร่งปฏิกิริยาที่เป็นของแข็ง การใช้ไมโครเวฟในการผลิตไบโอดีเซล และอื่น ๆ นอกจากนั้นยังได้รับ
งานการศึกษาวิจัยและพัฒนาโรงงานต้นแบบการผลิตไบโอดีเซลในเชิงพาณิชย์ ปริมาตร 10,000 ลิตร/วัน
ของจงหวัดกระบี่ และโครงการศึกษาวิจัยและพัฒนาโรงงานต้นแบบการผลิตพลังงานทดแทนไบโอดีเซล
ปริมาตร 10,000 ลิตร/วัน ของจังหวัดสุราษฎร์ธานีอีกด้วย

ความภาคภูมิใจอย่างสูงสุดของสถานวิจัยฯ คือการได้มีโอกาสถวายรายงานต่อสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ
สยามบรมราชกุมารี ซึ่งได้เสด็จฯ มาทอดพระเนตรผลงานวิจัยที่คณะวิศวกรรมศาสตร์ เมื่อวันที่ 16 มกราคม 2549
และในฐานะองค์ประธานกรรมการ มูลนิธิชัยพัฒนาได้ทรงพระกรุณาอนุมัติเงินทุนวิจัยให้สถานวิจัยฯ ดำเนินการวิจัย
และพัฒนาเทคโนโลยีด้านไบโอดีเซลเพื่อการแข่งขัน อันจะเป็นต้นแบบให้เกิดแนวทางการผลิตเชิงอุตสาหกรรม
ที่มีกำลังการผลิตมากกว่า 100,000 ลิตรต่อวันต่อไป